تُعد وثيقة تنظيمية توضح البرامج والأنشطة التنفيذية التي تنفذها الجمعية خلال فترة زمنية محددة، مع تحديد الأهداف، ومؤشرات الأداء، والمهام، والمسؤوليات، والموارد اللازمة للتنفيذ. وتهدف الخطة التشغيلية إلى تحويل الأهداف الاستراتيجية إلى إجراءات عملية قابلة للتنفيذ والمتابعة، بما يضمن كفاءة الأداء وتحقيق رسالة الجمعية في خدمة صحة الأطفال وتطوير الممارسة المهنية في تخصص أمراض الجهاز الهضمي والكبد والتغذية لدى الأطفال.